从叶一凡回归GUTS后，TPC也开始了重新运作，TPC远东总部基地从最高警戒状态中解除，重新恢复了往日的秩序与忙碌。
克里特斯歼灭战的硝烟已经散尽，新开发区的损伤也开始了紧急修复，而在这之后，也陆陆续续出现过几次怪兽袭击事件。首先是为了追杀附身在新城身上的宇宙人而来到地球的那坦星人，其次是因吞噬地下废物发生变异的怪兽莫拉特王。
这两起事件在叶一凡的指挥下完美解决，毕竟身为未来人，也是未来NeoGUTS的队员，现在作为GUTS副队长，他对每个队员的特点和状态都了然于心，既能清晰下达指令，又能敏锐的察觉到他们的情绪波动。
那坦星人在大古的活跃下被哉佩利敖光线消灭，宇宙人玛雅在GUTS众人的配合下选择继续在地球生活。莫拉特王被迪迦的细胞转化光线安抚，自身所有的细胞按同比例缩小还原成莫拉特鼠，在动物园的牛棚中被丽娜取名为小莫拉，最后由动物园的饲养员山本大叔所饲养。
但莫拉特王的事件，和克里特斯一样，也是人类对地球影响所造成的悲剧，但这样的悲剧不止发生过这两次。
西利赞、雷伊洛斯、立特玛鲁斯、加佐特、莫拉特王......这几只因人类影响而出现的怪兽，已经为人类敲响了警钟，于是TPC召开了一次人类活动与地球环境的高层会议，探讨因人类发展造成的地球怪兽问题。
会议上，吉冈局长一派还是强调发展武力以应对威胁的现实性，他认为这就和克里特斯歼灭战一样，人类无法改变现有的状况，只能以手中的武器去维护属于人类自我的利益。
而居间队长还是觉得，应该先关注人类历史活动中对地球生物造成的影响，以及探索非毁灭性的解决方案。
最后TPC决议，全面评估现有主要技术对地球生态圈及潜在地外感知的长期影响，同时建立全球性的异常现象数据库，优先尝试防范而非毁灭。
但对于怪兽日益造成的破坏，吉冈局长的提议并没有被完全否定，以WING系统开发者樫村博士为代表，GUTS计划从飞燕二号为主，以飞燕一号为辅，开发一种新的GUTS战斗机种。
飞燕号本来不是为了战斗而生，但对于出现的巨大怪兽，叶一凡也认为应该先提升GUTS的战斗力，于是GUTS飞燕EXJ号的建造计划启动，去除原先GUTS飞燕二号的德克萨斯炮，EXJ号被设计成机首拥有小型子机的合体机型，在距现场较远处两机合体，而在现场两机分离，因此可以利用两架飞机的机动能力进行交叉火力攻击。
这也是后面GUTS神鹰号和GUTS飞燕USJ号的雏形。
会议结束后，又发生了智慧生命体比佐摩的袭击，不过GUTS也很顺利的解决，之后又是怪鸟茜拉与滋尔达气体的事件。
滋尔达事件，让TPC又一次反思怪兽与人类的关系，新城第一次真切意识到并非所有怪兽都是纯粹的破坏者，它们的存在本身，有时就是人类罪孽的映照。
接着而来的就是吸血鬼休拉诺斯的事件，不过这事件在叶一凡的指挥，以及记者小野寺的活跃下被解决，时间也从2008年彻底进入到2009年。
这一年，对叶一凡来说蕴含着远超寻常的意义。
据他所知的信息，时空将在今年被撕裂，时空怪兽戈尔德拉斯就是这一年到来的，那或许是他唯一能重返自己时代的机会。然而未来的阴影也如影随形，毕竟2009年之后，便是2010年......那个被旧日支配者加坦杰厄的终极黑暗所笼罩的年份。
之后在2009年的某天，泽井总监同秘书官乘坐的TPC1运输机与司令室的通讯中断了，GUTS司令室内众人开始讨论起泽井总监的安危。
“队长，你也不知道总监去哪了吗？”
司令室内，众人担忧的话语传入居间惠耳中，对于TPC最高人的失踪，居间惠同样担忧但她也摇头说：“我只是听说他要去参加一个绝密会议。”
野瑞看着搜索到的画面说：“可是在那一带，只有克里莫斯诸岛啊。”
说到克里莫斯诸岛，居间惠瞪大了眼睛，仿佛是想起了什么往事，而叶一凡注意到则问：“怎么了？”
“我听说过，当年防卫军移至地球和平联合军组织的时候，在南方岛上的秘密基地，各国首脑曾经举行过高峰会议。”
说到这个，居间惠回忆起TPC还未建立时候的故事。当时国际上通过了第一个允许各国使用武力的决议，美国等多国部队进入了战争状态，但苏联刚刚解体，旷日持久的冷战终于走向了终结，但随之而来的是新的战火。
在那个年代，和平并没有真正确立，联合国一直被各种大国所支配着，但来自地球外部的威胁已经不能让人类停留在内部的纠纷上了。
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泽井总监本来想在联合国内部设立处理外星人事件的机制，但这提议最终被否决，最终泽井总监以联合国为舞台，一步一步推动着各国合作而奔走，其中克里莫斯诸岛就是泽井举行会议的地点之一。
那时泽井想要实现的目标是何等艰难，即使是现在的大古也很容易想象到，为了这位提拔他的伯乐，大古打破
No．333 总监失踪[1/2页]